Installation des logiciels nécessaires

Atelier Sageo, Québec, Juin 2023

Author

Timothée Giraud, Nicolas Lambert, Matthieu Viry, Ronan Ysebaert (UAR RIATE, CNRS, Université Paris Cité)

Afin de suivre l’atelier, il est nécessaire de disposer des logiciels suivants :

R
RStudio
Python
Quarto (RStudio inclus Quarto depuis la version 2022.07)
Plusieurs packages R et Python

Au cours de l’atelier, une fois les instructions d’installation effectuées, toutes les manipulations nécessaires à la production d’un document avec Quarto seront réalisées directement depuis l’IDE RStudio.

Windows 10 / Windows 11

Installation de R

Se rendre à l’URL https://cran.r-project.org/bin/windows/base/
Cliquer sur “Download R-4.3.0 for Windows” pour télécharger l’installeur sur votre ordinateur
Exécutez l’installeur - aller jusqu’au bout de l’installeur en laissant les options par défaut

Installation RStudio

Télécharger l’installeur de RStudio à partir de ce lien : https://download1.rstudio.org/electron/windows/RStudio-2023.03.1-446.exe
Exécutez l’installeur - aller jusqu’au bout de l’installeur en laissant les options par défaut

Installation de Python

Télécharger le fichier https://www.python.org/ftp/python/3.11.3/python-3.11.3-amd64.exe
L’exécuter et cocher l’option “Add python.exe to PATH” puis cliquer sur “Install Now”
À la fin de l’installation, il est suggéré de changer la limite de longueur des noms de fichiers, ceci est souhaitable, cliquez donc sur “Disable path length limit”
Fermer l’installeur

Installation des dépendances Python requises

Ouvrir l’interpréteur de commande du système (appuyer sur la touche “windows” puis saisir CMD dans la barre de recherche et ouvrir l’application “Invite de commandes” qui est proposée)
Créer un envrionnement virtuel :

python -m venv env-quarto

Activer l’environnement virtuel tout juste créé :

.\env-quarto\Scripts\activate.bat

Installer les dépendances Python requises :

python -m pip install numpy geopandas rasterio rasterstats matplotlib rioxarray netCDF4 scipy geodatasets contextily

Fermer le terminal

Installation des dépendances R requises

Ouvrir RStudio et saisir la commande suivante dans l’interpréteur R :

install.packages(c('markdown', 'rmarkdown', 'reticulate', 'sf', 'readxl', 'mapsf', 'osmdata', 'maptiles', 'tanaka', 'spatstat', 'terra', 'geojsonsf'))

Vous disposez de tout le nécessaire pour l’atelier !

Les instructions pour utiliser l’environnement virtuel Python créé depuis RStudio et depuis votre document Quarto vous seront fournies lors de l’atelier.

Linux (Ubuntu 22)

Installation / mise-à-jour de R et des dépendances pour RStudio et les différents packages R

Ajouter le dépôt de paquets logiciels (PPA) du CRAN pour obtenir R dans sa dernière version qui n’est pas proposée par défaut par Ubuntu (il s’agit des instructions issues de la page https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/).

# update indices
sudo apt update -qq
# install two helper packages we need
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
# add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
# To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc 
# Fingerprint: E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
# add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"

Si vous avez déjà R, pour mettre à jour vers la dernière version :

sudo apt update && sudo apt upgrade

Sinon pour installer R :

sudo apt install r-base

Pour installer les dépendances nécessaires pour RStudio et pour les packages R qui seront installés par la suite :

sudo apt install libssl-dev libpq5 libclang-dev curl \
  libudunits2-dev libgdal-dev libgeos-dev libproj-dev \
  libcurl4-openssl-dev libxml2-dev libpng-dev libfontconfig1-dev

Installation de RStudio

curl https://download1.rstudio.org/electron/jammy/amd64/rstudio-2023.03.1-446-amd64.deb --output rstudio-2023.03.1-446-amd64.deb
sudo dpkg -i rstudio-2023.03.1-446-amd64.deb

Utilisation de la version de Python livrée avec le système et création d’un environnement virtuel

Ouvrir un terminal
Saisir les commandes suivantes :

sudo apt install python3-venv
python3 -m venv env-quarto
source env-quarto/bin/activate
python -m pip install numpy geopandas rasterio rasterstats matplotlib rioxarray netCDF4 scipy geodatasets contextily

Fermer le terminal

Installation des dépendances R requises

Ouvrir RStudio et saisir la commande suivante dans l’interpréteur R :

install.packages(c('markdown', 'rmarkdown', 'reticulate', 'sf', 'readxl', 'mapsf', 'osmdata', 'maptiles', 'tanaka', 'spatstat', 'terra', 'geojsonsf'))

Vous disposez de tout le nécessaire pour l’atelier !

Les instructions pour utiliser l’environnement virtuel Python créé depuis RStudio et depuis votre document Quarto vous seront fournies lors de l’atelier.

Mac OS X

Installation de R

Se rendre à l’URL https://cran.r-project.org/bin/macosx/
Selon votre machine, télécharger l’installeur approprié en cliquant sur :
- R-4.3.0-arm64.pkg
- R-4.3.0-x86_64.pkg
Exécutez l’installeur - aller jusqu’au bout de l’installeur en laissant les options par défaut

Installation de RStudio

Télécharger l’installeur à partir de ce lien : https://download1.rstudio.org/electron/macos/RStudio-2023.03.1-446.dmg
L’exécuter et aller jusqu’au bout de l’installeur en laissant les options par défaut

Installation de Python

Télécharger le fichier https://www.python.org/ftp/python/3.11.3/python-3.11.3-macos11.pkg
L’exécuter et aller jusqu’au bout de l’installeur en laissant les options par défaut

Installation des dépendances Python requises

Ouvrir un terminal système (soit depuis Finder, ouvrir le dossier /Application/Utilitaires et cliquer deux fois sur Terminal, soit depuis l’icone Launchpad dans le Dock, saisir “Terminal” dans le champ de recherche, puis cliquer sur Terminal)
Créer un envrionnement virtuel :

python3 -m venv env-quarto

Activer l’environnement virtuel tout juste créé :

source env-quarto/bin/activate

Installer les dépendances Python requises :

python -m pip install numpy geopandas rasterio rasterstats matplotlib rioxarray netCDF4 scipy geodatasets contextily

Fermer le terminal

Installation des dépendances R requises

Ouvrir RStudio et saisir la commande suivante dans l’interpréteur R :

install.packages(c('markdown', 'rmarkdown', 'reticulate', 'sf', 'readxl', 'mapsf', 'osmdata', 'maptiles', 'tanaka', 'spatstat', 'terra', 'geojsonsf'))

Vous disposez de tout le nécessaire pour l’atelier !

Les instructions pour utiliser l’environnement virtuel Python créé depuis RStudio et depuis votre document Quarto vous seront fournies lors de l’atelier.

En cas d’erreur lors de l’installation…

… ou si besoin d’aide à l’installation des outils nécessaires à l’atelier sur un autre système d’exploitation que ceux cités dans ce document : n’hésitez pas à nous contacter : (matthieu.viry@cnrs.fr).

--- title: "Installation des logiciels nécessaires" subtitle: "Atelier Sageo, Québec, Juin 2023" author: "Timothée Giraud, Nicolas Lambert, Matthieu Viry, Ronan Ysebaert (UAR RIATE, CNRS, Université Paris Cité)" format: html: theme: sandstone fontsize: 0.9em code-tools: true embed-resources: true toc: true toc-depth: 3 linkcolor: "#8631ad" execute: cache: false --- Afin de suivre l'atelier, il est nécessaire de disposer des logiciels suivants : - [R](https://www.r-project.org/) - [RStudio](https://posit.co/download/rstudio-desktop/) - [Python](https://www.python.org/) - [Quarto](https://quarto.org/) (RStudio inclus Quarto depuis la version *2022.07*) - Plusieurs packages R et Python Au cours de l'atelier, une fois les instructions d'installation effectuées, toutes les manipulations nécessaires à la production d'un document avec Quarto seront réalisées directement depuis l'IDE RStudio. # Windows 10 / Windows 11 ### Installation de R - Se rendre à l'URL [https://cran.r-project.org/bin/windows/base/](https://cran.r-project.org/bin/windows/base/) - Cliquer sur *"Download R-4.3.0 for Windows"* pour télécharger l'installeur sur votre ordinateur - Exécutez l'installeur - aller jusqu'au bout de l'installeur en laissant les options par défaut ### Installation RStudio - Télécharger l'installeur de RStudio à partir de ce lien : [https://download1.rstudio.org/electron/windows/RStudio-2023.03.1-446.exe](https://download1.rstudio.org/electron/windows/RStudio-2023.03.1-446.exe) - Exécutez l'installeur - aller jusqu'au bout de l'installeur en laissant les options par défaut ### Installation de Python - Télécharger le fichier [https://www.python.org/ftp/python/3.11.3/python-3.11.3-amd64.exe](https://www.python.org/ftp/python/3.11.3/python-3.11.3-amd64.exe) - L'exécuter et cocher l'option *"Add python.exe to PATH"* puis cliquer sur *"Install Now"* - À la fin de l'installation, il est suggéré de changer la limite de longueur des noms de fichiers, ceci est souhaitable, cliquez donc sur *"Disable path length limit"* - Fermer l'installeur ### Installation des dépendances Python requises - Ouvrir l'interpréteur de commande du système (appuyer sur la touche "windows" puis saisir CMD dans la barre de recherche et ouvrir l'application "Invite de commandes" qui est proposée) - Créer un envrionnement virtuel : ```powershell python -m venv env-quarto ``` - Activer l'environnement virtuel tout juste créé : ```powershell .\env-quarto\Scripts\activate.bat ``` - Installer les dépendances Python requises : ```powershell python -m pip install numpy geopandas rasterio rasterstats matplotlib rioxarray netCDF4 scipy geodatasets contextily ``` - Fermer le terminal ### Installation des dépendances R requises - Ouvrir RStudio et saisir la commande suivante dans l'interpréteur R : ```r install.packages(c('markdown', 'rmarkdown', 'reticulate', 'sf', 'readxl', 'mapsf', 'osmdata', 'maptiles', 'tanaka', 'spatstat', 'terra', 'geojsonsf')) ``` ### Vous disposez de tout le nécessaire pour l'atelier ! Les instructions pour utiliser l'environnement virtuel Python créé depuis RStudio et depuis votre document Quarto vous seront fournies lors de l'atelier. # Linux (Ubuntu 22) ### Installation / mise-à-jour de R et des dépendances pour RStudio et les différents packages R - Ajouter le dépôt de paquets logiciels (PPA) du CRAN pour obtenir R dans sa dernière version qui n'est pas proposée par défaut par Ubuntu (il s'agit des instructions issues de la page [https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/](https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/)). ```bash # update indices sudo apt update -qq # install two helper packages we need sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr # add the signing key (by Michael Rutter) for these repos # To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc # Fingerprint: E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc # add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/" ``` - Si vous avez déjà R, pour mettre à jour vers la dernière version : ```bash sudo apt update && sudo apt upgrade ``` - Sinon pour installer R : ```bash sudo apt install r-base ``` - Pour installer les dépendances nécessaires pour RStudio et pour les packages R qui seront installés par la suite : ```bash sudo apt install libssl-dev libpq5 libclang-dev curl \ libudunits2-dev libgdal-dev libgeos-dev libproj-dev \ libcurl4-openssl-dev libxml2-dev libpng-dev libfontconfig1-dev ``` ### Installation de RStudio ```bash curl https://download1.rstudio.org/electron/jammy/amd64/rstudio-2023.03.1-446-amd64.deb --output rstudio-2023.03.1-446-amd64.deb sudo dpkg -i rstudio-2023.03.1-446-amd64.deb ``` ### Utilisation de la version de Python livrée avec le système et création d'un environnement virtuel - Ouvrir un terminal - Saisir les commandes suivantes : ```bash sudo apt install python3-venv python3 -m venv env-quarto source env-quarto/bin/activate python -m pip install numpy geopandas rasterio rasterstats matplotlib rioxarray netCDF4 scipy geodatasets contextily ``` - Fermer le terminal ### Installation des dépendances R requises - Ouvrir RStudio et saisir la commande suivante dans l'interpréteur R : ```r install.packages(c('markdown', 'rmarkdown', 'reticulate', 'sf', 'readxl', 'mapsf', 'osmdata', 'maptiles', 'tanaka', 'spatstat', 'terra', 'geojsonsf')) ``` ### Vous disposez de tout le nécessaire pour l'atelier ! Les instructions pour utiliser l'environnement virtuel Python créé depuis RStudio et depuis votre document Quarto vous seront fournies lors de l'atelier. # Mac OS X ### Installation de R - Se rendre à l'URL [https://cran.r-project.org/bin/macosx/](https://cran.r-project.org/bin/macosx/) - Selon votre machine, télécharger l'installeur approprié en cliquant sur : * R-4.3.0-arm64.pkg * R-4.3.0-x86_64.pkg - Exécutez l'installeur - aller jusqu'au bout de l'installeur en laissant les options par défaut ### Installation de RStudio - Télécharger l'installeur à partir de ce lien : [https://download1.rstudio.org/electron/macos/RStudio-2023.03.1-446.dmg](https://download1.rstudio.org/electron/macos/RStudio-2023.03.1-446.dmg) - L'exécuter et aller jusqu'au bout de l'installeur en laissant les options par défaut ### Installation de Python - Télécharger le fichier [https://www.python.org/ftp/python/3.11.3/python-3.11.3-macos11.pkg](https://www.python.org/ftp/python/3.11.3/python-3.11.3-macos11.pkg) - L'exécuter et aller jusqu'au bout de l'installeur en laissant les options par défaut ### Installation des dépendances Python requises - Ouvrir un terminal système (soit depuis *Finder*, ouvrir le dossier /Application/Utilitaires et cliquer deux fois sur *Terminal*, soit depuis l'icone *Launchpad* dans le Dock, saisir "Terminal" dans le champ de recherche, puis cliquer sur *Terminal*) - Créer un envrionnement virtuel : ```sh python3 -m venv env-quarto ``` - Activer l'environnement virtuel tout juste créé : ```sh source env-quarto/bin/activate ``` - Installer les dépendances Python requises : ```sh python -m pip install numpy geopandas rasterio rasterstats matplotlib rioxarray netCDF4 scipy geodatasets contextily ``` - Fermer le terminal ### Installation des dépendances R requises - Ouvrir RStudio et saisir la commande suivante dans l'interpréteur R : ```r install.packages(c('markdown', 'rmarkdown', 'reticulate', 'sf', 'readxl', 'mapsf', 'osmdata', 'maptiles', 'tanaka', 'spatstat', 'terra', 'geojsonsf')) ``` ### Vous disposez de tout le nécessaire pour l'atelier ! Les instructions pour utiliser l'environnement virtuel Python créé depuis RStudio et depuis votre document Quarto vous seront fournies lors de l'atelier. # En cas d'erreur lors de l'installation... *__... ou si besoin d'aide à l'installation des outils nécessaires à l'atelier sur un autre système d'exploitation que ceux cités dans ce document__ * : n'hésitez pas à nous contacter : ([matthieu.viry@cnrs.fr](mailto:matthieu.viry@cnrs.fr)).